Métagénomique adaptative à grande vitesse

Sébastien Boisvert
B.Sc. Biotechnologie (bio-informatique), 2008, U. de Sherbrooke
Doctorant, Université Laval
@sebhtml


Invité par Alexei Nordell Markovits

Lieu: Département de biologie, Université de Sherbrooke
Date: 2013-02-07 11:00-12:00
Durée: 30 minutes

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Résumé (161 mots):

Les sciences de la vie, les sciences de la terre et la médecine ont bénéficié et continuent de bénéficier des technologies des acides nucléiques, comme les technologies de séquençage à haut débit de l'ADN. L'infrastructure de calcul est de plus en plus accessible avec les supercalculateurs et l'informatique dans les nuages. Cependant, les logiciels d'analyse adaptatifs demeurent des pièces manquantes en bio-informatique. Ray est un système adaptatif d'assemblage et d'analyse de génomes (Boisvert et al. 2010), de métagénomes (Boisvert et al. 2012), et transcriptomes. et est construit par dessus Ray Platform, une librairie de développement pour le calcul distribué. Il est possible de visualiser les analyses avec Ray Cloud Browser, un navigateur de génomes dans les nuages.

Boisvert et al. 2012 Genome Biology
Boisvert et al. 2010 Journal of Computational Biology