81ème congrès de l'Association francophone pour le savoir (ACFAS), 6-10 mai 2013.

La génomique, les super ordinateurs et le logiciel d'assemblage Ray



Édition du congrès: 81

Numéro: 2074

Choix du domaine de recherche: 209 - Techniques, mesures et systèmes

Second domaine de recherche (optionnel): 206 - Organismes vivants

Choix de la discipline: 216 - Biotechnologies et biométrie

Mode de présentation: Oral

Résumé:

Le fonctionnement des organismes vivants est encodé, en partie, dans leurs génomes. Depuis quelques années, des instruments de laboratoire appelés «séquenceurs d'ADN à haut débit» permettent de décoder l'ADN à une vitesse fulgurante. Ceux-ci fonctionnent en lisant beaucoup de molécules en parallèle. Ces avancées ont ouvert la porte à l'étude du microbiome -- l'ensemble des organismes présents dans une niche écologique. Pour ce faire, le «méta-génome» est décodé. Au même moment, les super ordinateurs sont de plus en plus accessibles aux universités, gouvernements, et compagnies. Le volume de données générées par ces séquenceurs nécessite des super ordinateurs qui sont parallèles. Il y a un manque de logiciels d'analyse en génomique qui sont autant parallèles que les séquenceurs d'ADN ou que les super ordinateurs. Nous avons développé le logiciel Ray, qui est massivement parallèle. Celui-ci fonctionne en utilisant le passage de messages entre des ordinateurs distribués. Il est donc désormais possible d'analyser les méta-génomes en utilisant notre logiciel. Ray peut faire l'assemblage de novo -- qui correspond à reconstruire les méta-genomes à partir des millions de segments d'ADN lus par les séquenceurs. Ray peut aussi détecter les formes de vie présentes ainsi que leurs fonctions.

Référence: Boisvert et al. (2012) Genome Biology, manuscrit accepté.