Formation intensive en bioinformatique

Durant la formation, des données de E. coli seront alignées sur une référence pour y trouver des variations génétiques. Ces même données seront aussi assemblées de novo afin de construire une nouvelle référence.

Lors de la dernière formation, un système d'exploitation pour la bioinformatique (Linux) a été installé sur les ordinateurs des personnes participantes.




Informations

Informations
CléValeur
OrganisateurComité étudiant du Centre de recherche en infectiologie de l'Université Laval
Instructeur Sébastien Boisvert
Durée8 séances de 2 heure sur 8 semaines
Places disponibleslimitées
Matériel obligatoire ordinateur portable avec terminal (Linux ou Mac OS X ou Machine virtuelle)
Inscription Inscriptions terminées
sebastien.boisvert.3 à ulaval point ca
(inclure: nom, laboratoire/groupe, sujet de recherche)
Coût50 $ payable par chèque au nom du CÉCRI
Lieu Voir la section "Dates"

Dates

Accès Internet

le réseau des salles d'enseignement

Contenu


Séance 1: terminal et navigation dans les répertoires



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Séance 2: fichiers XML, téléchargement



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Séance 3: scripts et édition de fichiers



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Séance 4: serveurs, ssh, colosse, Amazon



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Séance 5: aligneur bwa, formats sam et vcf



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Séance 6: Ray, Ray Cloud Browser



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Séance 7: Programmation



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Séance 8: Programmation


Préparation

Matériel

Fournisseur: Amazon Web Services, Inc.

Cluster Compute Eight Extra Large Instance

60.5 GiB of memory
88 EC2 Compute Units (2 x Intel Xeon E5-2670, eight-core "Sandy Bridge" architecture)
3370 GB of instance storage
64-bit platform
I/O Performance: Very High (10 Gigabit Ethernet)
EBS-Optimized Available: No*
API name: cc2.8xlarge

$2.400 per Hour


Amazon EBS Standard volumes

$0.10 per GB-month of provisioned storage
$0.10 per 1 million I/O requests


Élèves


Copyright (c) 2013
Sébastien Boisvert
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