Séance 8: Assemblage

• Rappel: alignement versus assemblage (Sense from sequence reads: methods for alignment and assembly)
• Assemblage de novo
• Graphe
• Chevauchement (overlap)
• Graphe à overlap (OLC = Overlap Layout Consensus)
• Graphe de Bruijn

• Assembleur de méta-génomes: megahit
• lancement de megahit sur les données de E. coli
• Analyse des résultats, avec "samtool tview"
• statistiques: quast
• améliorer un assemblage: pilon
• Journal du noyau Linux: dmesg
• Modules du noyau Linux: lsmod
• Démarrage: /boot
• Processus: /proc
• Configuration: /etc
• Système: /sys

• Eugene Myers, The fragment assembly string graph, 2005-09-01
• Paul Medvedev, Michael Brudno, Maximum Likelihood Genome Assembly, 2009-08-18