Séance 2: Téléchargement, fichiers

• European Nucleotide Archive
• Visualisation d'une page du European Bioinformatics Institute
• Séquence: Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655
• Soumission: SRA submission
• Projet (PRJ* ou SRP*): PRJNA233530
• Sample (SAM* ou SRS*): SRS588995
• Experiment (SRX*): SRX510677
• Run (SRR*): SRR1216679
• Télécharger fichier R1
• Télécharger fichier R2
• Fichiers xml
• Redirection de sortie: programme > fichier-de-sortie
• Redirection d'entrée: programme < fichier
• variables d'environnement HOME, PATH
• Trouver une référence

• Télécharger fichier xml de l'EBI
• Manipulations: mkdir, mv, cp, rm, cat
• Éditeur: nano, gedit
• Édition d'un fichier XML avec de l'information sur des expériences
• Utiliser grep pour chercher dans un fichier XML
• Commandes: top, hostname, uname, uptime, w
• Stockage: ls, stat, df, du, mount, blkid
• Types de fichiers: fifo (mkfifo), lien symbolique (ln -s), répertoire (mkdir), fichier régulier (touch)

• Unix