Formation CÉCRI de bio-informatique


Description
But acquérir les habiletés nécessaires pour l'analyse de données de séquençage à haut débit de l'ADN
InstructeurSébastien Boisvert
Coûtgratuit
Session universitaireautomne 2012
Prérequis Aucun
Inscription inscription à CECRI à crchuq.ulaval.ca
Organisé par Comité étudiant du Centre de recherche en infectiologie de l'Université Laval (CÉCRI)
Durée 8 périodes de 50 minutes
Lieu Local R-5701, Bloc R, Centre de recherche du CHUQ 2705, boulevard Laurier Québec, Québec Canada, G1V 4G2
Contenu
PériodeDateTitreSujets
12012-09-17 13:00-13:50Informatique moderne
  • Liste de discussion
  • opération
  • machine de Turing
  • processeur
  • mémoire
  • disque
  • réseau
  • processus
  • mot
  • instruction
  • espace
  • Alan Turing
  • Andrew S. Tanenbaum
  • Richard Stallman
  • Linus Torvalds
  • innovation ouverte et logiciels libres
  • gnu, gcc, Linux, fsf
  • Distributions Linux (GNU/Linux)
22012-09-17 14:00-14:50Installation d'une distribution GNU/Linux
  • Explication
  • Installation de VirtualBox
  • Installation d'une distribution Linux (GNU/Linux)


Option 1: Si vous avez déjà une distribution GNU/Linux d'installée, vous êtes prêt.

Option 2: Si vous avez un Apple Mac, , vous êtes déjà prêt. Vous pouvez aussi installer Homebrew

Option 3: Si vous avez un ordinateur libre totalement de Microsoft Windows, vous pouvez y installer Ubuntu.

Option 4: Si vous êtes administrateur de votre Microsoft Windows, vous pouvez installer Oracle VirtualBox. Ensuite, vous devez installer Ubuntu dans un ordinateur virtuel créé dans VirtualBox.

Option 5: Si vous n'êtes pas administrateur de votre Microsoft Windows, vous pouvez installer Cygwin.

32012-09-21 13:00-13:50Dématérialisation des ressources
  • Le terminal
  • Programmes
  • Arguments
  • Entrée standard
  • Sortie standard
  • Aide: man
  • Se promener dans les répertoires: pwd, ls, cd
  • Manipulations: mkdir, mv, cp, rm, cat
  • Informations utiles: top, date, whoami, hostname, uname, uptime
  • Paginateur: less
  • Éditeur: nano
  • Redirection de sortie: programme > fichier-de-sortie
  • Redirection d'entrée: programme < fichier
  • Les tuyaux: |
  • variables d'environnement HOME, PATH
  • Pas de C:
  • serveur
  • ssh
  • Calcul Canada
  • Calcul Québec
  • colosse
  • planification
  • tâche
  • Moab
42012-09-21 14:00-14:50Technologies de séquençage de l'ADN
  • Sanger
  • Applied Biosystems 3730xl
  • General Electric MegaBACE
  • Helicos
  • Illumina Genome Analyzer
  • Life Technologies SOLiD sequencing 5500xl
  • Roche 454 GS
  • Roche 454 FLX
  • Ion Torrent
  • Complete Genomics
  • Roche 454 Titanium
  • Pacific Biosciences
  • Illumina HiSeq
  • Illumina MiSeq
  • Oxford Nanopore
  • SeqAnswers
52012-09-26 13:00-13:50Bioinformatique de production
  • projet
  • échantillon
  • séquences
  • paires de séquences
  • nombre de copies
  • changement de nucléotide
  • sans référence
  • avec référence
  • alignement
  • assemblage de novo
  • formats fasta, fastq, sam, bam, vcf, bcf
  • aligneurs populaires: bwa, bowtie
  • assembleurs: Ray, ABySS, Velvet
  • outils: Liste SeqAnswers
  • wiki SeqAnswers
62012-09-26 14:00-14:50Principes de programmation d'ordinateurs
  • code source
  • exécution, processus
  • éditeur de texte
  • nano
  • interpréteur versus compilateur
  • programme interprété versus compilé
  • python
  • exemple de programme python
  • langages compilés (C, C++, java)
  • langages interprétés (perl, python, ruby, lua)
72012-10-03 13:00-13:50Programmer des analyses
  • premier programme en bash
  • premier programme en python
  • écrire un script de job
8à déterminerSéance pratique II
  • "amener votre problème/échantillon"


Préparation

Distributions Linux (36 DVDs):

Inscriptions

(33 entrées, mis à jour le 2012-09-16 21:28 GMT-4:00)


Équipe Jacques Corbeil

- Pier-Luc Plante 
- Lynda Robitaille

Équipe Michel G Bergeron

- Karel Boissinot
- Amin A. Ouameur
- Dominique Boudreau
- Richard Giroux
- Rana Daher

Équipe Marc Ouellette

- Philippe Leprohon
- Danielle Légaré
- Rubens do Monte
- Hélène Gingras
- Élodie Gazanion
- Isabel Vincent
- Marie-Claude Laffitte
- Marie-Christine Brotherton
- Marie Plourde
- Jean-François Ritt
- Gaétan Roy
- Andréanne Lupien

Équipe Paul H. Roy

- Naeem Iqbal
- Maxime Déraspe

Équipe Barbara Papadopoulou

- Hiva Azizi
- Mukesh Samant
- Ouafa Zghidi-Abouzid

Équipe Michel J Tremblay

- Michel Ouellet
- Alexandre Deshiere 

Équipe Guy Boivin

- Andrés Pizzorno
- Julie Carbonneau
- Xavier Bouhy
- Jean-François Roussy
- Marie-Eve Hamelin

Équipe Frederic Barabe 

- Renata Teixeira

Plateforme de séquençage et de génotypage (CRCHUL)

- Sylvie Desjardins

Copyright (c) 2012
Sébastien Boisvert
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