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Article 1 John Quackenbush ``Microarray data normalization and transformation'' Nature Genetics 32, 496--501 (2002) doi:10.1038/ng1032 Question 1. Pourquoi calcule-t-on le ratio Ri/Gi ? Question 2. Pourquoi utilise-t-on le logarithme en base 2 du ratio plutôt que directement le ratio ?
Article 2 Jian-Bing Fan, Mark S. Chee & Kevin L. Gunderson ``Highly parallel genomic assays'' Nature Reviews Genetics 7, 632--644 (August 2006) | doi:10.1038/nrg1901 Question 3. Nommez trois essais génomiques parallèles. Question 4. Lequel permet de mesurer le plus de cibles moléculaires simultanément ?
Article 3 Eric E. Schadt , Michael D. Linderman , Jon Sorenson , Lawrence Lee & Garry P. Nolan ``Computational solutions to large-scale data management and analysis'' Nature Reviews Genetics 11, 647--657 (1 September 2010) | doi:10.1038/nrg2857 Question 5. Qu'est-ce que le cloud computing ? Question 6. Nommez un désavantage apporté par le cloud computing.
Question 4 Paul Flicek & Ewan Birney ``Sense from sequence reads: methods for alignment and assembly'' Nature Methods 6, S6--S12 (2009) | doi:10.1038/nmeth.1376 Question 7. Quel est le rôle du hash table dans les algorithmes d'alignement ? Question 8. Quel est l'impact des erreurs de séquençage sur le nombre de k-mers dans le graphe de Bruijn ? Et pourquoi ?
Question 5 Cole Trapnell & Steven L Salzberg ``How to map billions of short reads onto genomes'' Nature Biotechnology 27, 455--457 (2009) doi:10.1038/nbt0509-455 Question 9. Quel est le travail effectué par un aligneur ? Question 10. Que fait un aligneur lorsqu'une séquence provient d'un élément répété ?