Université Laval
Cours: BIF-7900
Session: Automne 2011
Auxiliaire d'enseignement: Sébastien Boisvert
Date: 6 octobre 2011, 9h à 12h

Présentation

Devoir

Article 1

John Quackenbush
``Microarray data normalization and transformation''
Nature Genetics 32, 496--501 (2002) doi:10.1038/ng1032


Question 1. Pourquoi calcule-t-on le ratio Ri/Gi ?
Question 2. Pourquoi utilise-t-on le logarithme en base 2 du ratio plutôt que directement le ratio ?

Article 2

Jian-Bing Fan, Mark S. Chee & Kevin L. Gunderson
``Highly parallel genomic assays''
Nature Reviews Genetics 7, 632--644 (August 2006) | doi:10.1038/nrg1901


Question 3. Nommez trois essais génomiques parallèles.
Question 4. Lequel permet de mesurer le plus de cibles moléculaires simultanément ?

Article 3

Eric E. Schadt , Michael D. Linderman , Jon Sorenson , Lawrence Lee & Garry P. Nolan
``Computational solutions to large-scale data management and analysis''
Nature Reviews Genetics 11, 647--657 (1 September 2010) | doi:10.1038/nrg2857


Question 5. Qu'est-ce que le cloud computing ?
Question 6. Nommez un désavantage apporté par le cloud computing.

Question 4

Paul Flicek & Ewan Birney
``Sense from sequence reads: methods for alignment and assembly''
Nature Methods 6, S6--S12 (2009) | doi:10.1038/nmeth.1376


Question 7. Quel est le rôle du hash table dans les algorithmes d'alignement ?
Question 8. Quel est l'impact des erreurs de séquençage sur le nombre de k-mers dans le graphe de Bruijn ? Et pourquoi ?

Question 5

Cole Trapnell & Steven L Salzberg
``How to map billions of short reads onto genomes''
Nature Biotechnology 27, 455--457 (2009) doi:10.1038/nbt0509-455


Question 9. Quel est le travail effectué par un aligneur ?
Question 10. Que fait un aligneur lorsqu'une séquence provient d'un élément répété ?